Für ME/CFS existieren unterschiedliche Namen, die sich historisch entwickelt haben. In der jüngeren Forschung und von Gesundheitsbehörden weltweit wird inzwischen meist die Kombination ME/CFS verwendet. So auch im Konsenspapier von EUROMENE (European ME Network). Daher sollte dieser Name auch in der Berichterstattung verwendet werden. ME, CFS und Postvirales Fatigue Syndrom werden unter dem gleichen ICD-Diagnoseschlüssel G93.3 der WHO geführt.
Die deutschen Namen „Chronisches Erschöpfungssyndrom“, „Chronisches Müdigkeitssyndrom“ aber auch der alleinstehende Name „Chronisches Fatigue Syndrom“ werden von Erkrankten und ME/CFS-Organisationen abgelehnt, da sie die Erkrankung verharmlosen und den Fokus fälschlicherweise auf Erschöpfung bzw. Fatigue legen. Dieses Symptom ist jedoch nicht für ME/CFS spezifisch. Es stellt, wie bei vielen anderen Krankheiten (z. B. Krebs, Multiple Sklerose, Morbus Parkinson, HIV/AIDS), ein Begleitsymptom dar.
Die Post-Exertionelle Malaise ist das Kernsymptom der Erkrankung, nicht die Fatigue. Unter Artikeln, in denen ME/CFS synonym mit Fatigue oder Erschöpfung verwendet wird, finden sich häufig Kommentare von gesunden Menschen: „Nach der Arbeit bin ich auch erschöpft.“ Dr. Komaroff, einer der Namensgeber des „Chronic Fatigue Syndrome“, bereute diese Entscheidung im Nachhinein: „I think that was a big mistake because the name, in my opinion and in the opinion of a lot of people, both trivializes and stigmatizes the illness. It makes it seem unimportant, maybe not even real.“