Für ME/CFS existieren unterschiedliche Namen, die sich historisch entwickelt haben. In der jüngeren Forschung und von Gesundheitsbehörden weltweit wird inzwischen meist die Kombination ME/CFS verwendet. So auch im Konsenspapier von EUROMENE (European ME Network). Daher sollte dieser Name auch in der Berichterstattung verwendet werden. ME, CFS und Postvirales Fatigue Syndrom werden unter dem gleichen ICD-Diagnoseschlüssel G93.3 der WHO geführt.
Die deutschen Bezeichnungen „Chronisches Erschöpfungssyndrom“ oder „Chronisches Müdigkeitssyndrom“ sind problematisch, da sie den Fokus fälschlicherweise auf Erschöpfung bzw. Müdigkeit legen – Begriffe, die der schweren körperlichen Erschöpfbarkeit nicht gerecht werden, die medizinisch daher stets als Fatigue bezeichnet wird. Auch der (alleinstehende) Name „Chronisches Fatigue Syndrom“ wird der komplexen Symptomatik, insbesondere dem Leitsymptom Post-Exertionelle Malaise (PEM), nicht gerecht. Außerdem ist das Symptom Fatigue nicht spezifisch für ME/CFS: Die Fatigue stellt, wie bei vielen anderen Krankheiten (z. B. Krebs, Multiple Sklerose, Morbus Parkinson, HIV/AIDS), lediglich ein Begleitsymptom dar. Die vorgenannten Begriffe können daher zur Bagatellisierung von ME/CFS beitragen und Betroffene stigmatisieren und sollten aus diesem Grund vermieden werden.
Die Post-Exertionelle Malaise ist das Kernsymptom der Erkrankung, nicht die Fatigue. Unter Artikeln, in denen ME/CFS synonym mit Fatigue oder Erschöpfung verwendet wird, finden sich häufig Kommentare von gesunden Menschen: „Nach der Arbeit bin ich auch erschöpft.“ Dr. Komaroff, einer der Namensgeber des „Chronic Fatigue Syndrome“, bereute diese Entscheidung im Nachhinein: „I think that was a big mistake because the name, in my opinion and in the opinion of a lot of people, both trivializes and stigmatizes the illness. It makes it seem unimportant, maybe not even real.“